Le fait de pouvoir tester sa propre serre et sa propre culture pour le ToBRFV est déjà une avancée énorme pour les producteurs, surtout en période de menace virale élevée. Désormais, les producteurs peuvent obtenir un résultat fiable en moins d'une heure. Il est même possible de ne tester que quelques plantes grâce à un 'test light' mis au point par Spark Radar. Le lancement sur le marché aura lieu à la fin de l'année.
« Les producteurs nous ont demandé un tel test, afin de pouvoir tester une ou quelques plantes de manière très ciblée, mais avec la spécificité et la fiabilité applicables à notre solution », explique Bas Rutjens. Avec son associé Rogier van der Voort, il a fondé Spark Genetics, d'où est né le Spark Radar pour les tests de pathogènes végétaux réalisés sur place.
Rogier van der Voort et Bas Rutjens
Tester quelques plantes
Depuis la fin de l'année dernière, le premier kit, axé sur le ToBRFV, est disponible dans le secteur. « Avec ce kit, les horticulteurs peuvent tester 60 plantes et maintenant même 100 à la fois. Mais dans le cas d'une plante clairement symptomatique, le producteur ne veut pas utiliser notre test habituel. Il ne veut alors tester qu'une ou quelques plantes pour confirmation. »
Spark Radar propose désormais une alternative au test antigénique existant. « Un test d'antigène est moins sensible et peut donner lieu à des rapports faussement positifs ou faussement négatifs. Notre système n'émet un signal que si du matériel génétique d'un pathogène spécifique est trouvé dans l'échantillon. Nous travaillons en fait avec une version fortement réduite du test habituel, sans sacrifier la performance. »
Cette performance a été validée cette année par un institut de recherche belge indépendant. « Notre test y a été comparé au test Q-PCR bien connu. Les résultats montrent que notre test est comparable en termes de sensibilité et qu'il ne produit pas de signal faussement positif. »
Echantillonner une plante
La difficulté du 'test light' consiste à pouvoir obtenir un résultat bon et fiable à partir d'une petite quantité de matériel. « On sait que les plantes contiennent toutes sortes de substances qui perturbent les réactions enzymatiques, comme les tests PCR, par exemple. Il faut donc presque toujours procéder à des étapes de purification. Nos tests contiennent également des enzymes sensibles à ces composants végétaux. La purification est indispensable, en particulier pour le test régulier, dont la sensibilité est élevée. Pour le 'test light', nous adoptons une approche différente. »
L'utilisateur procède alors à la purification lors de l'échantillonnage. « Dans ce test, contrairement au test normal, le producteur échantillonne la plante en la piquant. Il n'est donc pas nécessaire de prélever des feuilles. Après la piqûre, l'utilisateur transfère le matériel directement dans la solution de test. »
Un complément au test existant
Après l'introduction du test ToBRFV régulier pour le matériel foliaire, un test pour les semences, l'eau et un test par écouvillonnage pour les surfaces ont rapidement suivi. Ces tests ont été optimisés au cours de la saison. « C'est précisément là que l'on veut observer de faibles niveaux de virus dans de plus grands volumes d'eau ou de matériel végétal. En ce qui concerne l'eau, nous savons maintenant, grâce à des études scientifiques, que le virus ToBRFV peut s'infiltrer par l'extrémité des racines dans les tapis de substrat, puis dans l'eau de drainage. Vous pouvez analyser cette eau à l'aide de notre test habituel. »
L'essence du test régulier reste la détection précoce du virus. « Nous constatons que la puissance du test existant est confirmée par les producteurs qui commencent à nettoyer leurs cultures dès le début. S'ils procèdent ensuite à des tests systématiques et qu'ils trouvent encore du virus, ils peuvent agir rapidement. Le 'test light' est un complément utile à ce dispositif, permettant de tester de manière très ciblée quelques plantes suspectes plus tard dans la saison. »
Le virus de la marbrure du concombre
L'idée initiale de Rutjens et van der Voort était de développer un test modulaire. Le ToBRFV s'est avéré être le problème le plus urgent pour une grande partie du marché. Entre-temps, un test similaire a également été développé pour le virus de la marbrure du concombre (CGMMV). « Pour nous, l'ajout du CGMMV confirme notre idée initiale », explique-t-il.
Le kit de test pour le virus de la marbrure du concombre fonctionne de la même manière, avec un support magnétique et un support de détection. « En utilisant le support magnétique, nous extrayons le virus du matériel collecté, pour ainsi dire. Cela permet de garantir la haute sensibilité de notre test. »
Le kit pour la marbrure de concombre est déjà commercialisé et utilisé aux Pays-Bas et en France. « Jusqu'à présent, les résultats sont bons. Le fait que le CGMMV n'ait pas le statut Q, comme le ToBRFV en Europe, nous aide à obtenir un retour d'information. »
Tester les bactéries
Le test modulaire de Spark Radar pourra éventuellement être utilisé pour d'autres virus, ainsi que pour les bactéries. « Notre test fonctionnerait de la même manière. Les bactéries actives produisent de l'ARN en permanence. Comme pour les virus, nous extrayons un ARN spécifique du matériel collecté pour le tester. Il nous suffit d'ajuster les réactifs sur un autre virus ou une autre bactérie. »
Pour plus d'informations :
Rogier van der Voort
Spark Radar
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www.sparkradar.bio